Александр Манолов (ФНКЦ Физико-Химической Медицины), 22/04/2021

Тема: Genome Complexity Browser - метод поиска высоко-изменчивых областей геномов прокариот и вирусов, а также визуализации генного состава в виде графа.


Состав генов в геномах многих видов прокариот высоко изменчив. Есть участки генома, в которых изменения происходят особенно часто - горячие области изменчивости. Мы разработали метод оценки профиля изменчивости и программу Genome Complexity Browser для одновременного просмотра профиля изменчивости а также изменений генного состава в выбранном участке генома в виде графа.

Анализ профиля изменчивости позволяет находить “горячие” и “холодные” зоны хромосом и других репликонов и сравнивать их расположение у близкородственных видов.

Визуализация в виде графа позволяет сравнивать состав генов в большом количестве геномов (порядка сотен). Это позволяет находить консервативные и вариабельные зоны оперонов либо исследовать контексты вставки горизонтально-переносимых генов.

В докладе я расскажу про саму программу и сравнение профилей изменчивости у филогрупп E. coli и ряда других видов прокариот.